Gerbong yang digunakan untuk mengangkut para pejuang merupakan gerbong barang yang memiliki ruang tertutup dan minim ventilasi. Ditambah dengan atap yang terbuat dari seng membuat ruangan terasa panas dan pengap.
Hasilnya, sebanyak 46 pejuang pro-kemerdekaan Indonesia tewas dalam perjalanan itu. Gerbong pertama dengan kode GR5769 yang sama sekali tidak memiliki ventilasi menewaskan seluruh penumpang di dalamnya yang berjumlah 38 orang.
Di gerbong kedua dan ketiga total tawanan yang tewas ada 8 orang. Sementara itu, kondisi para tawanan lain terperinci sebagai berikut, 12 orang sakit parah, 30 orang tawanan lemas tak berdaya, dan 12 orang tawanan berhasil selamat.
Peristiwa meninggalnya para tahanan dalam perjalanan dari Stasiun Bondowoso menuju Stasiun Surabaya inilah yang disebut sebagai peristiwa Gerbong Maut. Untuk mengingatkan kekejaman Belanda pada pejuang Indonesia. Kereta api Gerbong Maut pun disimpan di Museum Brawijaya yang berada di Jalan Ijen No.25, Malang, Jawa Timur. Sedangkan di pusat kota Bondowoso dibuat replika sebuah monumen, yang diberi nama Monumen Gerbong Maut.***